Микробиологична лаборатория - обслужва амбулаторно, диспансерно и стационарно болни. Извършват се микробиологични изследвания за изолиране на етиологичен причинител и чувствителност, доказване на антигени от: фекални проби, рани, гърлен, носен, очен и ушен секрети, храчки, урокултура, хемокултура, ликвор. Лабораторията е осигурена с условия, съоръжения, апаратура, пособия и консумативи гарантиращи добра практика и безопасна среда. Включена е в българската национална система за контрол на качеството – цикъл „Микробиология” и притежава сертификат. 
 Видове изследвания извършвани в МБЛ:
 Изследване на назофарингиален секрет, гърлен и храчка:
 - Директен микроскопски препарат
 - Посявка (аеробна)
 - Изследване на стрептококи, стафилококи, сем. Ентеробактериацее, кандида и др.
 Микробиологично изследване на урина:
 - Аеробна посявка
 - Изследване за Ентеробактерия, стафилококи, стрептококи, ентерококи, кандида и др.
 Микробиологично изследване на материали от гениталният тракт ( генитален, цервикален, уретрален):
 - С микроскопски препарат – гонококи, Г.вагиналис, анаероби, трихомонас)
 - Посявка
 - Изследване за Кандида, стафилококи, стрептококи, ентерококи, ентеробактериацее
 Микробиологично изследване на раневи секрети:
 - Директен микроскопски препарат
 - Посявка (аеробна)
 - Изследване за: стафилококус ауреус, стрептококи, Ентеробактериацее.
 - Микробиологично изследване на кръв (хемокултура)
 Микробиологично изследване на ликвор
 Микробиологично изследване на фецес
 Идентификация на гъбички с медицинско значение, причинители на кожно-лигавични и системни инфекции на базата на тяхната микроскопска морфология и биохимична идентификация, определяне на антимикробна чувствителност.
 Определяне на антимикробна чувствителнист на бързо растящи микроорганизми към антибиотици и химиотерапевтици по дисково-дифузионнен метод.
 Ръководи се от лекар със специалност "Микробиология".